L’histoire d’amour entre Hiromi, une jeune mère célibataire, et Chiyoko, une lycéenne, débute au moment où cette dernière s’apprête à se jeter sous un train. Avec Sosûke, le fils de Hiromi, les deux femmes fondent une nouvelle famille et ouvrent une maison d’hôtes d’un genre unique, baptisée l’Auberge de l’arc-en-ciel.

Les pensionnaires de la Maison du lion, un centre de soins palliatifs situé sur l’île aux citrons, dans la mer intérieure du Japon, sont invités à quitter ce monde tels des convives rassasiés en choisissant, lors d’un goûter servi le dimanche, le mets qu’ils souhaitent savourer une dernière fois. En ce lieu, ils partagent leurs peurs et leurs petits bonheurs dans l’attente sereine de la mort.

1903. Ichi, vendue par ses parents, entre dans la communauté des courtisanes. L’adolescente suit, comme la loi l’impose aux tenanciers de maison close, la formation du corps et de l’esprit requise pour exercer son nouveau métier. Mais l’institutrice qui apprend à lire et à écrire aux jeunes filles leur insuffle aussi des valeurs qui remettent en cause leur place dans la société.

Un jeune garçon japonais s’initie au désir au fil des pages d’un livre d’art. Frappé par une représentation de saint Sébastien ligoté et blessé, il découvre son attirance pour le corps masculin. Charmé par les matelots, de petits voyous et un camarade de classe, il construit un masque pour se conformer à la norme de l’hétérosexualité et jouer, ainsi grimé, une grande comédie.