Wayward Pines est un village idyllique, si ce n’est que son accès est fermé à tous et surveillé par des snipers vingt-quatre heures sur vingt-quatre. Aucun des résidents ne sait pourquoi ni comment il est arrivé là. Ethan Burke, le shérif, est l’un des rares à avoir vu l’extérieur et à connaître la vérité sur cette ville.

Ethan Burke se réveille amnésique. Il se rappelle peu à peu qu’il est un agent venu enquêter sur la disparition de deux de ses collègues dans la petite bourgade de Wayward Pines. Son accident de voiture ne lui a causé que des blessures superficielles, mais l’hôpital ne veut pas le relâcher, le shérif ne veut pas lui rendre ses papiers, et il lui est impossible de joindre sa famille.